Кажется вы не совсем представляете глубину данной проблемы. Для коммерческого продукта который находится на рынке и приносит доход, нет не важного кода. Вы не сможете постфактум после предъявления иска о нарушении авторских прав от разработчика изменить код. Даже наше судопроизводство прекрасно освоило контроль версий и есть соответствующие эксперты. Нормальная практика производить депонирование в каждый коммерческий релиз, что у крупных компаний обычно раз в квартал.
И тренд как раз на всё большую защиту прав, так как всё больше разработчиков осознают что можно лупануть с нерадивого работодателя пяток миллионов за красивые глаза.
На счет автоматизированных средств рефакторинга, полноценных палочек-выручалочек не существует. Мне уже не раз приходилось сталкиваться с тем, что компания после тщетных попыток договорится с разработчиком о передаче прав на код, тупо начинает исключать его код из проекта. А если это core функциональность крупного сервиса и человек работал 2 года? Разработка реально встает на месяц, увы.
Тема open source вообще отдельная... там есть и плюсы и минусы, в любом случае всегда есть лицензия под которой он публикуется, далеко не каждая разрешает модификацию и перепродажу.